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[发明专利]差异表达基因筛选方法及装置-CN201811551609.2在审
发明人：罗依雯;殷鹏;朱木春;王伟任;张建业 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2018-12-18 - 公布日： 2020-06-26 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了一种差异表达基因筛选方法及装置，涉及差异表达基因筛选的技术领域，通过获取待筛选基因表达量；对所述待筛选基因表达量进行初步筛选，得到初筛差异表达基因；生成所述初筛差异表达基因对应的关联规则；基于所述关联规则，从所述初筛差异表达基因中筛选差异表达基因的方式，建立了关联规则，实现对初筛差异表达基因进行再筛选，得到精度更高的差异表达基因的同时，还节省了对初筛差异表达基因逐一实验所需大量的人力物力。
差异表达基因筛选方法装置

[发明专利]用于全基因组关联分析的基因自动选择方法-CN202211631266.7有效
发明人：刘志岩;郑青松;郭方 -专利权人：哈尔滨星云医学检验所有限公司
申请日： 2022-12-15 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提供了用于全基因组关联分析的基因自动选择方法，对所有样品进行测序得到基因芯片数据，得到基因表达矩阵；对基因表达矩阵中的基因表达值进行分类，得到分类后的基因聚类集；对得到的基因聚类集进行差异性分析，筛选出差异概率P≤0.05的基因表达值，形成第一差异表达基因聚类集合集；对得到的第一差异表达基因聚类集合进行倍数分析，识别差异基因表达值，筛选出第二差异表达基因聚类集合；取两个差异表达基因聚类集合的交集，形成关键基因聚类集；选取关键基因聚类集与基因聚类集的均值距离最近的基因作为自动选择出的目标基因。本发明精简了差异性基因聚类集，降低了关键基因重复率，提高了关键基因的准确率。
用于基因组关联分析基因自动选择方法

[发明专利]一种生物信息测定方法、系统、存储介质、终端-CN202010274551.2在审
发明人：刘艳玲 -专利权人：德州学院
申请日： 2020-04-09 - 公布日： 2020-07-10 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明属于生物信息测定技术领域，公开了一种生物信息测定方法、系统、存储介质、终端，胰腺癌差异表达基因筛选；胰腺癌差异表达基因的GO分析，将得到的差异表达上调基因和下调基因分别进行GO注释及图形化展示；胰腺癌差异表达基因的KEGG分析，分别将差异表达的上调基因和下调基因进行通路富集以及网络图展示；胰腺癌差异表达基因和核心基因的PPI互作网络分析，以确定差异表达基因的信号转导通路。本发明应用生物信息学手段筛选胰腺癌的差异表达基因并确定其信号转导通路，揭示胰腺癌发生发展的分子机制，从而为胰腺癌的早期诊断和预防提供理论依据，为胰腺癌的治疗提供有效的靶点。
一种生物信息测定方法系统存储介质终端

[发明专利]一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法-CN201910246518.6有效
发明人：夏昊强;周煌凯;高川;张羽;陶勇;罗玥;邢燕;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2019-03-28 - 公布日： 2021-10-01 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于10X单细胞转录组测序数据的分析方法，包括步骤：S1，测序数据质控和表达量定量；S2，基于10X单细胞转录组测序数据进行单细胞亚群分类；S3，差异表达基因分析：筛选细胞亚群上调表达的基因，采用Seurat的bimod似然比统计检验，分别对不同类细胞群进行基因差异表达分析；S4，差异基因功能分析：根据S3获得的差异表达基因，进行差异表达基因GO功能分析和/或差异表达基因KEGG功能分析；S5，标记基因筛选与分析：包括标记基因筛选、标记基因表达分布、标记基因蛋白网络分析；方法还包括步骤S6，细胞轨迹分析：包括单细胞轨迹的构建、差异表达基因的分析、细胞轨迹分支分析。
一种基于 10 单细胞转录序数分析方法

[发明专利]基于US-ELM的基因芯片表达数据分析系统及方法-CN201710596384.1有效
发明人：王之琼;李艳丽;曲璐渲;汪新蕾;赵亚楠 -专利权人：东北大学
申请日： 2017-07-20 - 公布日： 2020-07-10 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明的基于US‑ELM的基因芯片表达数据分析系统及方法包括，基因预处理单元，用于对基因芯片进行预处理以获得适用于实验的数据格式；差异基因筛选单元，基于基因表达数据矩阵寻找在基因芯片中不同个体或者是不同组织中表达发生明显变化的差异基因，获得差异表达基因矩阵；聚类单元，用于对差异表达基因矩阵进行聚类分析，得到共表达基因序列；富集分析单元，用于对共表达基因序列进行富集分析，得到关于基因所参与的多条通路，得出在数据上共表达基因序列的生物学功能解释本发明的分析系统及方法整体上提高了数据分析的准确性，差异基因处理过程筛选出更有效的明显表达差异基因，聚类处理中得出的类别在生物学解释上具有更多的相似性。
基于 us elm 基因芯片表达数据分析系统方法

[发明专利]一种基于双向校正的差异表达基因识别方法-CN202010695248.X有效
发明人：陈伯林;高莉;杨曼婷;尚学群 -专利权人：西北工业大学
申请日： 2020-07-19 - 公布日： 2022-02-11 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于双向校正的差异表达基因识别方法，将统计检验与生物功能信息相结合，首先使用现有差异表达基因识别方法得到基因表达数据集中每个基因的差异分值，使用差异分值大即置信度较高的一些基因作为初始基因序列，对这些基因进行功能富集分析完成第一次功能校正，其次从富集通路中通过增加重要的基因以及删除不重要的基因以完成反向校正，多次迭代之后，最终识别出差异表达基因序列。该方法引入生物通路信息将差异表达基因的功能最大化，通过双向校正的思想，最终得到了一些功能关系非常紧密的基因，且它们的真阳性都较高，从而为基因表达数据研究提供了新思路。
一种基于双向校正差异表达基因识别方法

[发明专利]基因共表达状态的量化分析方法及装置、设备和介质-CN202310707491.2在审
发明人：魏兰颖;张应生;濮梦辰;辛玉翠 -专利权人：北京望石智慧科技有限公司
申请日： 2023-06-15 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因共表达状态的量化分析方法及装置、设备和介质。该方法包括：构建实验组与对照组之间的全局差异共表达网络；该实验组对应的基因共表达状态为第一状态、对照组对应的基因共表达状态为第二状态；基于该全局差异共表达网络确定出高度重构基因；根据高度重构基因和研究信息构建差异共表达子网络，基于该差异共表达子网络确定出目标样本的基因共表达状态得分，其中，差异共表达子网络中各节点对应的基因与研究信息包含的目标生物途经相关，基因共表达状态得分用于指示目标样本的基因共表达状态与第一状态或第二状态的相似程度本发明能够实现在个体层面上对单个样本的基因共表达状态的定量分析。
基因表达状态量化分析方法装置设备介质

[发明专利]一种预测畜禽数量性状显性遗传效应的方法及应用-CN202010339226.X有效
发明人：张龚炜;左福元;王玲;张文秀;罗宗刚;李常营 -专利权人：西南大学
申请日： 2020-04-26 - 公布日： 2023-02-14 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：步骤如下：根据育种目标，确定亲本并测定相关性状表型数据；采集组织/血液样本，提取总RNA，获取全基因组水平的基因表达量并进行基因差异表达分析，获取与育种目标相关的差异表达基因，以及亲本间差异表达印记基因；将差异表达印记基因与差异表达非印记基因进行互作分析，获取与目标性状基因表达差异相关的差异表达印记基因，从而确定亲本的交配模式。
一种预测畜禽数量性状显性遗传效应方法应用

[发明专利]确定差异表达基因的混合线性模型两步筛选法-CN200410089205.8无效
发明人：朱军;陆燕;李亦学 -专利权人：李亦学;朱军;陆燕
申请日： 2004-12-08 - 公布日： 2006-06-14 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种鉴别差异表达基因的方法，其特征在于，该方法通过两个步骤鉴定差异表达基因：先将芯片数据通过噪音过滤消除大的试验系统误差，然后通过单基因模型初步判断符合显著性标准A的差异表达基因；其次，用多基因模型分析这些初定的差异表达基因，选出符合显著性标准B的基因；其中显著性标准A和B之间的关系是A/B≥5，以便控制假阳性。采用Jackknife重复抽样技术估算检验统计量的显著性，在单基因模型中将处理考察因素的方差作为初定差异表达基因的具体指标，在多基因模型中将基因和考察因素的互作效应作为鉴定差异表达基因的具体指标。本发明的方法能够提供可靠的分析结果，大大降低分析结果的假阳性概率，并大幅度提高大规模基因表达数据分析的效率。
确定差异表达基因混合线性模型筛选

[发明专利]一种达氏鲟性腺差异表达基因GSDF及其筛选方法-CN201711262439.1在审
发明人：陈叶雨;刘亚;龙治海;林珏;龚全;赖见生;杜军;宋明江 -专利权人：四川省农业科学院水产研究所
申请日： 2017-12-04 - 公布日： 2018-04-20 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明公开了一种达氏鲟性腺差异表达基因GSDF及其筛选方法，属于生物技术领域。本发明利用高通量测序技术对达氏鲟进行雌雄转录组比较测序，对转录组数据进行组装、注释及差异基因的表达分析。利用FPKM法分析雌雄性腺中基因表达水平。使用EBSeq进行基因的差异表达分析，获得雌雄两个样品之间的差异表达基因集。在筛选过程中，选用FDR作为差异表达基因筛选的关键指标，将FDR小于0.05且差异倍数大于等于2作为筛选标准。随后对差异基因进行功能注释，筛选出其中同性别决定相关的基因，为今后达氏鲟性别鉴定，性别决定基因及性别决定机制的研究提供依据。
一种达氏鲟性腺差异表达基因 gsdf 及其筛选方法

[发明专利]一种癌症驱动基因识别方法、系统、存储介质及设备-CN202211462574.1有效
发明人：柳军涛;刘洋洋 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-11-18 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明涉及驱动基因识别技术领域，提供了一种癌症驱动基因识别方法、系统、存储介质及设备，包括：构建体细胞突变矩阵，并计算每个基因的突变分数，结合PPI网络，得到重要基因集合；生成重要基因的标准化差异表达矩阵，并计算每个重要基因的差异表达分数；构建基因差异表达网络；将在基因差异表达网络和PPI网络中均存在连边的成对基因挑选出来，并将与成对基因中的至少一个基因存在连边的基因，作为成对基因的邻居；基于成对基因及其邻居的突变分数和差异表达分数，计算成对基因的得分；对成对基因的得分进行拆分，得到每个重要基因是癌症驱动基因的得分。解决了目前驱动基因识别算法对于PPI网络信息利用的不充分的缺点。
一种癌症驱动基因识别方法系统存储介质设备

[发明专利]一种检测高血压相关基因及基因功能分析的系统-CN202210193133.X在审
发明人：李宗瑾;吴晓明;王志刚;宋长新;田立勤;燕成英;杨继玉;贾泽宇 -专利权人：青海师范大学
申请日： 2022-02-28 - 公布日： 2022-05-31 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测高血压相关基因及基因功能分析的系统。包括：基因预处理单元，用于对高血压基因表达数据进行预处理获得基因表达矩阵；基因样本分析单元，基于基因表达矩阵分析样本分布情况；基因差异分析单元，基于基因表达矩阵筛选发生显著变化的差异基因，获得基因差异矩阵；基因模块分析单元，基于基因表达矩阵通过加权基因共表达网络方法确定基因模块并筛选关键模块；Hub基因分析单元，用于筛选关键基因中的Hub基因；基因功能分析单元，用于对差异表达基因或基因模块进行功能富集分析及通路与基因关系的网络分析本发明可以辅助不熟悉高血压基因相关数据库和分析流程的科研人员准确有效的发现与高血压等复杂疾病相关的基因与通路。
一种检测高血压相关基因功能分析系统

[发明专利]联合病理组学特征的肿瘤差异基因表达谱预测方法及系统-CN202310279457.X在审
发明人：刘健;闫朝阳;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2023-03-21 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明属于计算机技术领域，提供了一种联合病理组学特征的肿瘤差异基因表达谱预测方法及系统。模型训练方法包括，根据数据病理切片数据，得到数字病理切片的特定肿瘤区域的细胞核特征谱；根据转录组学数据，得到队列基因表达矩阵；根据队列基因表达矩阵和患者临床信息，确定癌症组织和正常组织样本以及癌症样本的临床诊断分期，并进行基因差异表达分析，得到特定肿瘤的差异基因表达谱和特定肿瘤分期的差异基因表达谱；以数字病理切片的特定肿瘤区域的细胞核特征谱为输入，以该特定肿瘤的差异基因表达谱和该特定肿瘤分期的差异基因表达谱为输出
联合病理特征肿瘤差异基因表达预测方法系统

[发明专利]差异表达谱预测模型训练方法、预测方法及装置-CN202211193415.6在审
发明人：胡靖;赵国栋;方晓敏;何径舟;王凡;郜杰 -专利权人：北京百度网讯科技有限公司
申请日： 2022-09-28 - 公布日： 2023-01-06 - 主分类号： G16B15/30 文献下载
摘要：本公开提供了差异表达谱预测模型训练方法、预测方法及装置，涉及计算机技术领域，尤其涉及人工智能技术领域下的深度学习和生物计算等技术。具体实现方案为：获取样本药物的初始分子表示；获取样本生物体的初始基因表示；将初始分子表示和初始基因表示输入待训练模型，获得待训练模型根据初始分子表示和初始基因表示输出的预测差异表达谱，预测差异表达谱用于表征样本生物体在使用样本药物前后的预测基因差异；通过预测差异表达谱和实际差异表达谱对待训练模型进行训练，获得差异表达谱预测模型，实际差异表达谱用于表征样本生物体在使用样本药物前后的实际基因差异。采用本公开，可以提高预测差异表达谱的准确性。
差异表达预测模型训练方法装置

[发明专利]肺癌预后模型的构建方法及应用方法、电子设备-CN202110061920.4在审
发明人：张蕾;张琦;冯林;程书钧;张开泰;肖汀 -专利权人：中国医学科学院肿瘤医院
申请日： 2021-01-18 - 公布日： 2021-04-30 - 主分类号： G16H50/50 文献下载
摘要：该构建方法包括：获取多个肺癌患者和多个参考人的外周血白细胞转录谱表达数据；基于上述转录谱表达数据，筛选候选基因；以及，基于候选基因，构建风险评分模型。肺癌预后模型包括风险评分模型。基于上述转录谱表达数据，筛选候选基因，包括：对上述转录谱表达数据进行相似性分析，确定多个肺癌亚群；将多个肺癌亚群分别与多个参考人进行差异表达基因分析，确定多个肺癌亚群各自的差异表达基因；比较多个肺癌亚群的差异表达基因中的表达状态，选择多个肺癌亚群中有较多的免疫抑制基因处于高表达状态的肺癌亚群作为候选肺癌亚群；以及，从候选肺癌亚群的差异表达基因中筛选候选基因。
肺癌预后模型构建方法应用电子设备

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